微生物实验室一般包括清洁区、操作区和无菌区三个区域，可划分为准备室、培养室、菌种室、消毒室、无菌室等多个房间。

微生物实验室应具有空气除菌过滤的单向流空气装置，室内温度18-26℃，相对湿度45%-65%

微生物实验室洁净度应为万级。排风口装有高效过滤器，送风口装有高效过滤静压箱，室内送排风采用上送下排方式，室内排风口应设在室内被污染风险最高的区域，单侧布置，不得有障碍

人流需要通过准备间分别进入一更、二更、缓冲进入操作间。物流则由传递窗实现。